Trzecim obok Inflant i Rosji, terenem ekspansji polskiej były księstwa naddunajskie, czyli Mołdawia i Wołoszczyzna, stanowiące lenno Turcji. Zgodnie z pokojowymi traktatami z czasów dwu ostatnich Jagiellonów, Wysoka Porta osadziła na hospodarstwach mołdawskim i wołoskim lenników przyjaznych Polsce. Bliskość frontu nieustającej wojny pomiędzy Turcją i monarchią Habsburgów powodowała brak stabilizacji politycznej w tym rejonie. Skłoniło to magnatów polskich do próby rozciągnięcia swoich wpływów na oba księstwa. W latach 1595-1600 wyprawy wojenne hetmana Zamoyskiego zakończyły się usunięciem hospodara Michała Walecznego, który próbował zjednoczyć księstwa nad Dunajem i uniezależnić się tak od Turcji, jak i Rzeczypospolitej. Zamoyski osądził w hospodarstwach zależnych od siebie książąt z rodu Mohyłów. W następnych latach córki tych książąt zostały wydane za magnatów kresowych Wiśniowieckiego, Koreckiego, Potockiego. Więzy rodzinne jeszcze umocniły zaangażowanie magnatów w konflikty regionu naddunajskiego. Równocześnie powiązania rodu Potockich z dworem Habsburgów i prohabsburska polityka Zygmunta III musiały spowodować wrogą reakcję Porty Ottomańskiej. Turcja miała i inne powody, aby odstąpić od tradycji pokojowych stosunków z Rzeczpospolita. Wynikały one z narastającego problemu Kozaczyzny. Rozwój demograficzny Ukrainy w drugiej połowie XVI w. doprowadził do znacznego powiększenia liczby ludności kozackiej na obszarach przygranicznych nad dolnym Dnieprem, czyli tzw. Zaporożem.

 

Kozackie wyprawy, organizowane drogą wodną na długich, lekkich łodziach, tzw. czajkach, docierały do miast tureckich nad Morzem Czarnym, a nawet w pobliże Stambułu. Na przełomie XVI i XVII w. Kozacy złupili i zniszczyli kwitnące ośrodki handlu, miedzy innymi Eupatorię, Synopę, Trapezunt, Jaffę. Dyplomacja Habsburgów potajemnie zachęcała Kozaków zaporoskich do podobnych wypraw, aby odciągnąć uwagę Turków od Węgier, a zarazem spowodować ich odwetowe działania wobec Rzeczypospolitej.

 

Do 1619 r. Wysoka Porta Ottomańska starała się utrzymać pokój z Polską. Rząd turecki ograniczał się do wysyłania skarg na Kozaków, żądając od króla, aby powściągną ich wyprawy, a także, aby ukarał organizatorów interwencji w Mołdawii.

 

Sytuacja zmieniła się w drugim roku wojny, trzydziestoletniej, kiedy to lennik turecki, książę siedmiogrodzki Gabor Bethlen oblegał Wiedeń w 1619 r. wraz z powstańcami czeskimi i węgierskimi. Zygmunt III Waza, związany przymierzem z Habsburgami, wysłał wówczas na pomoc cesarzowi Lisowczyków. Formacje tę tworzyli nieopłacani uczestnicy wypraw na Rosję, grabiący teraz i niszczący Polskę. Lisowczycy, żołnierze bitni, odważni, ale też wyjątkowo okrutni dla ludności cywilnej, przeprowadzili dywersyjną akcję w Siedmiogrodzie i zmusili w ten sposób Bethlena i jego sojuszników do odstąpienia od Wiednia. Tak zwana pierwsza odsiecz wiedeńska skłoniła Turcję do wypowiedzenia wojny Rzeczypospolitej.

 

Wyprzedzając spodziewany atak turecki, hetmani Żółkiewski i Koniecpolski wkroczyli w 1620 r. na czele wojsk polskich do Mołdawii. Ich armia została osaczona i pokonana pod Cecorą przez znacznie liczniejsze siły turecko-tatarskie. W panice i zamieszaniu rozpoczął się odwrót Polaków w kierunku granicy, w czasie, którego poległ z bronią w ręku hetman Żółkiewski.

 

Następstwem klęski cecorskiej była kolejna wyprawa turecka przeciwko Rzeczypospolitej. W 1621 r. armia polsko-litewska stawiła opór Turkom i Tatarom w warownym obozie pod Chocimiem. Najazd został powstrzymany, a Rzeczpospolita zawarła pokój z Turcją. Strona Polska musiała zrezygnować z ekspansywnej polityki nad Dunajem i ze swych wpływów w księstwach mołdawskim i wołoskim.

Znaczenie konfliktu polsko-tureckiego wykraczało poza ramy stosunków lokalnych. Związanie sił tureckich przez Rzeczpospolitą w latach 1620-1621 ułatwiło Habsburgom rozgromienie Czechów w bitwie pod Białą Górą, stłumienie powstania i likwidację swobód politycznych i religijnych w Królestwie Czech. Polska nie zyskała w zamian nic, poza czasową zwierzchnością lenną nad księstwami śląskimi opolskim i raciborskim w latach 1646-1666.

 

Do odnowienia konfliktu doszło w drugiej połowie XVII w. Atak na Rzeczpospolitą w 1672 r. zastał kraj nie przygotowany do obrony. Turcy zdobyli Kamieniec Podolski i wkroczyli na Ukrainę, docierając w okolice Lwowa. Aby powstrzymać dalszy pochód armii sułtańskiej, król zawarł w Buczaczu pokój z Turcją. Na jego mocy Turcja zagarniała Podole, Bracławszczyznę i resztki Kijowszczyzny, a Rzeczpospolita miała płacić sułtanowi roczny haracz.

 

Powiewające pod Kamieńcem zielona sztandary Turków i kościoły zamienione na meczety, skutki traktatu buczackiego, wywołały wstrząs w całej Rzeczypospolitej. Sejm nałożył ogromne podatki, hetman koronny Jan Sobieski zorganizował armię i zrywając warunki układu buczackiego zaatakował Turków. Zwycięstwo pod Chocimiem, odniesione w 1673 r., zbiegło się ze śmiercią Michała Korybuta Wiśniowieckiego. Zwycięski wódz spod Chocimia został obrany królem polskim.

 

Jan III Sobieski od lat reprezentował orientację profrancuską, ale ponawiające się ataki tureckie angażowały jego armie na południu i uniemożliwiały zwrot w polityce międzynarodowej. Obrona kresowej twierdzy Trembowli i walka o obóz w Żórawnie zmusiły w końcu Turcję do zgody na rozejm. Podole pozostało jednak w rękach najeźdźcy.

Jeszcze w trakcie walk z Turkami Sobieski, z inspiracji swojej żony, rozpoczął tajne negocjacje z Francją i Szwecją. Miały one doprowadzić do sojuszu z tymi krajami, przeciwko Brandenburgii, która znajdowała się w stanie wojny ze Szwecją. Porozumienie zawarte w 1675 r. zakładało odzyskanie przez Polskę wpływów w Prusach Książęcych przy pomocy stanów pruskich, buntujących się przeciwko absolutyzmowi elektora brandenburskiego.

 

Rychło okazało się jednak, że opinia szlachecka nie poparła królewskiego tzw. „wariantu północnego”. Szlachta w znacznej mierze była manipulowana przez antyturecką propagandę papiestwa i Habsburgów. Sejmiki opowiadały się za kontynuacją walki z Turkami i odzyskaniem Podola i Ukrainy. Z drugiej strony Szwecja, w obawie przed wzmocnieniem Polski nad Bałtykiem, nie zaangażowała się we współpracę z Sobieskim.

 

Król porzucił więc swoje dotychczasowe plany i wrócił do koncepcji antytureckiego sojuszu z Habsburgami. Efektem tego przymierza była odsiecz Wiednia we wrześniu 1683 r. W bitwie pod tym miastem armia wielkiego wezyra Kara Mustafy uległa połączonym wojskom państw chrześcijańskich, dowodzonym przez Sobieskiego. Wiedeń został uwolniony od oblężenia. Jak wykazały późniejsze starcia z Turkami, siła militarna nieprzyjaciela nie została jednak złamana. Dalsza wojna prowadzona była pod sztandarami tzw. Świętej Ligi, to jest przymierza papiestwa, Austrii, Wenecji i Polski. Utrwaliła ona zdobyta pod Wiedniem europejską sławę Jana III jako obrońcy chrześcijaństwa. Wymierne korzyści odnieśli wyłącznie Habsburgowie, którzy po ustąpieniu Turków opanowali Węgry i Siedmiogród. Wyprawy króla polskiego na Mołdawię nie przyniosły mu tego, o czym marzył, udzielnego księstwa dla syna Jakuba.

 

Długie i wyczerpujące wojny Turcji ze Świętą Ligą zostały zakończone międzynarodowym pokojem w Karłowicach w 1699 r., czyli trzy lata po śmierci Jana III Sobieskiego. Rzeczpospolita odzyskała wówczas Podole i Ukrainę.