Po śmierci Iwana IV Groźnego w 1584 r. w Rosji gwałtownie pogłębił się kryzys, tzw. „Wielka smuta”, zapoczątkowany terrorem tzw. opriczniny. Sytuacje tę wykorzystało kilku kresowych magnatów, między innymi Jerzy Mniszech, wojewoda sandomierski. Popierali oni pretendenta do tronu rosyjskiego podającego się za syna Iwana IV Groźnego – Dymitra. W 1604 r. prywatne wojska, zwerbowane przez Mniszcha wśród zubożałej szlachty, wprowadziły na tron carów Dymitra Samozwańca i córkę wojewody sandomierskiego, Marynę, którą Dymitr pojął za żonę. Tzw. „dymitriada”, czyli wyprawa Dymitra do Moskwy, spotkała się z potępieniem większości opinii szlacheckiej, wyrażonym na sejmikach. Bogata szlachta ziemiańska przeciwna była awanturniczej polityce magnatów kresowych.

 

Rządy Pseudo-Dymitra w Moskwie wywołały szybko opór miejscowych bojarów. Inspirowane przez nich powstanie ludowe wkrótce obaliło Samozwańca, który wraz z wieloma Polakami ze swego otoczenia został zamordowany. Tron objął przywódca powstania, Wasyl Szujski. Nowy car zawarł porozumienie ze Szwecją przeciwko Polsce.

 

Tymczasem w Rzeczypospolitej nie rezygnowano z zamiaru opanowania tronu moskiewskiego. Na czele wojsk rokoszowych ruszył na Moskwę drugi Samozwaniec. Ponadto Zygmunt III Waza, nie oglądając się na zgodę sejmu, rozpoczął w 1609 r. oficjalną interwencję Rzeczypospolitej w Rosji.

 

W latach 1609-1611 armia polsko-litewska obległa Smoleńsk. W tym czasie II Dymitr Samozwaniec został zamordowany, a jego oddziały rozproszyły się. Połączone siły Szwecji i Rosji, nadciągające z odsieczą Smoleńskowi, zostały rozbite przez hetmana Stanisława Żółkiewskiego w bitwie pod Kłuszynem w 1610 r. Po zdobyciu Smoleńska Żółkiewski wkroczył do Moskwy i uwięził Wasyla Szujskiego. Wówczas bojarzy ofiarowali koronę carską piętnastoletniemu królewiczowi polskiemu, Władysławowi. Król Zygmunt III nie zgodził się jednak na warunki bojarów, mówiące o przyjęciu prawosławia przez Władysława i sprawowanie przez niego osobistych rządów w Moskwie. Polska okupacja Kremla moskiewskiego, połączona z niszczycielską działalnością oddziałów dowodzonych przez pułkownika Aleksandra Lisowskiego, byli to tzw. lisowczycy, wywołała powstanie Rosjan. Broniony przez Polaków Kreml poddał się po długim oblężeniu, a w Moskwie koronowano Michała Romanowa w 1613 r., założyciela dynastii, która panować będzie do 1917 r. Wydarzenie to kończy również okres tzw. „Wielkiej Smuty” w Rosji.

 

Pokonawszy Polaków Rosjanie zostali zmuszeni stawić czoło Szwecji. Dlatego też zawarli rozejm z Rzeczypospolita w Dywilinie w 1619 r., na mocy którego Wielkie Księstwo Litewskie odzyskało ziemie smoleńską, czernihowską i siewierską.

 

Rozejm dywiliński wygasł w momencie, gdy w Europie toczyła się wojna trzydziestoletnia, a Szwecja była żywotnie zainteresowana, aby pchnąć Rosję przeciwko Polsce. W 1632 r., w czasie bezkrólewia po śmierci Zygmunta III Wazy, armia rosyjska zaatakowała Smoleńsk. Odsiecz poprowadzona przez nowego władcę, Władysława IV, zmusiła Rosjan do kapitulacji.

 

W zawartym w 1634 r. pokoju wieczystym w Polanowie Rosja ostatecznie zrzekła się ziem przyznanych Rzeczypospolitej rozejmem dywilńskim. Władysław IV z kolei zrezygnował z pretensji do tronu carskiego. Tym samym żadna z przyjętych w polityce polskiej koncepcji, czyli unii dynastycznej z Rosją lub aneksji Moskwy, nie została zrealizowana. Pokój wieczysty w Polanowie stabilizował wschodnią granicę Rzeczypospolitej tylko na jedno pokolenie.

 

Wśród historyków badających omawiany okres toczyła się dyskusja nad różnymi aspektami udziału Rzeczypospolitej w tzw. wielkiej smucie moskiewskiej z początku XVII w. Władysław Czapliński, a po nim Zbigniew Wójcik zwrócili uwagę na masowe zaangażowanie zbiedniałego „szlacheckiego wyżu demograficznego” w wyprawach do Rosji. Wójcik postawił otwarcie pytanie o to, czy owe słynne dymitriady i ingerencja Polski w wewnętrzne sprawy Rosji nie były po prostu swego rodzaju odmianą polskiego kolonializmu. Historyk ten porównał tym samym zagrodową i bezrolną polską szlachtę do ubogich hiszpańskich rycerzy, którzy ruszyli na podbój Ameryki.

 

Do odnowienia konfliktu z Rosją dochodzi w drugiej połowie XVII w., kiedy to po ugodzie hadziackiej, zawartej przez Polskę i Kozaków swoją interwencję rozpoczyna Rosja. W latach 1654-1655, wojska rosyjskie zajęły Smoleńsk, Grodno i Wilno. Rozpoczęta przez Rzeczpospolitą ofensywa zakończyła się tryumfem jej wojsk pod Ochmatowem w 1655 r. Po tym zwycięstwie zawarto jedynie rozejm z 1656 r., bowiem do Polski wkroczyły wojska szwedzkie. W 1656 r. w Niemieży Jan Kazimierz zawarł rozejm z Rosją oraz układ antyszwedzki.

 

Po zakończeniu wojny ze Szwecją doszło do odnowienia konfliktu na froncie rosyjskim, który jednak nie układał się dla nas zbyt pomyślnie, ponieważ na działania wojenne potrzebne były nakłady finansowe, o które Jan Kazimierz daremnie prosił sejm w 1661 r., dlatego pomimo sukcesów zwłaszcza hetmana Jerzego Lubomirskiego, Polska zdecydowała się na zawarcie rozejmu z Rosją w Andruszowie w 1667 r. W konsekwencji do Rosji przyłączono lewobrzeżną Ukrainę, ziemię smoleńską, siewierską i czernihowską. Odtąd Ukraina podzielona została na dwie części. Pozostała przy Polsce część prawobrzeżna miała uzyskać autonomię.

 

Wieloletnie zmagania na froncie rosyjskim zakończył traktat pokojowy podpisany w 1686 r. w Moskwie. Rzeczpospolitą reprezentowali wojewoda poznański Krzysztof Grzymułtowski i kanclerz litewski Marcjan Ogiński. Traktat potwierdzał postanowienia z Andruszowa, a ponadto odbierał Rzeczpospolitej Kijów.